Die Runde der letzten 32 wird am 18. und 25.02.2010 ausgetragen. Die nachfolgenden Partien des Achtelfinales finden am 11. und 18.03.2010 statt. Kann es in der Zwischenrunde noch zu keinem deutsch-deutschem Duell kommen, so ist im Achtelfinale solch eine Konstellation bereits möglich.
Mannschaften Sechzehntelfinale
Im Topf der gesetzten Mannschaften dabei sind die jeweiligen Gruppensieger der Europaliga und die vier bestplatzierten Gruppendritten der Champions League. Dies sind die Mannschaften von Werder Bremen, VfL Wolfsburg, Juventus Turin, Unirea Urziceni, Olympique Marseille, Sporting Lissabon, Galatasaray Istanbul, Red Bull Salzburg, Fenerbahce Istanbul, Benfica Lissabon, Shakhtar Donetsk, PSV Eindhoven, AS Rom, RSC Anderlecht, FC Valencia und Hapoel Tel Aviv.
Sie werden zunächst in einem Auswärtsspiel auf die ungesetzten Teams Hertha BSC, Hamburger SV, FC Liverpool, Ajax Amsterdam, Rubin Kazan, Standard Lüttich, Atletico Madrid, FC Villareal, FC Everton, FC Fulham, Panathinaikos Athen, Athletic Bilbao, FC Kopenhagen, FC Brügge, Twente Enschede und OSC Lille treffen.
Favoriten Europaliga
Als Favoriten für den Titel in der Europa Liga sind neben den Vorjahresfinalisten Werder Bremen und Shakhtar Donetsk auch die „Absteiger“ aus der Champions League vom FC Liverpool, Juventus Turin, Atletico Madrid und Olympique Marseille zu nennen. Auch werden dem russischen Meister Rubin Kazan große Chancen auf einen Titelgewinn eingeräumt.